Das Allgäu ist als Bayerns Milch- und Käseregion bekannt. Das war nicht immer so. Käse im Allgäu gab es schon lange, aber anders, als man ihn heute kennt. Der Ursprung des Allgäuer Käses liegt in den Alpen. Dokumente im Kloster St. Gallen haben gezeigt, das bereits im 12. Jahrhundert ein so genannter Alpkäse in hauseigenen Käseküchen, meist für den Eigenbedarf, hergestellt wurde.
Ab der Mitte des 18. Jahrhunderts gab es die ersten Allgäuer Käsehandlungen, allerdings war die Milch- und Käseproduktion nicht dominierend, weit verbreitet war der Getreide- und Flachsanbau für die Leinenherstellung. Die Region wurde wegen des Flachsanbaus auch „blaues“ Allgäu genannt. Um 1800 kam mit dem ersten Schweizer Emmentaler das Schweizer Wissen über die Käseproduktion nach Deutschland.
Durch Personen wie Carl Hirnbein , Aurel Stadler und Peter Althaus erlebte die Allgäuer Käseproduktion im 19. Jahrhundert einen starken Aufschwung. Carl Hirnbein förderte die Umstellung auf die Milchviehwirtschaft, für die der karge Boden in der Region wesentlich bessere Voraussetzungen als für den Flachsanbau bot. So sorgte er dafür, dass aus dem „blauen“ Allgäu das „grüne“ Allgäu wurde.
Der Schweizer Peter Althaus, der von dem Allgäuer Käsehändler Aurel Stadler ins Land geholt wurde, produzierte erfolgreich den Allgäuer Emmentaler. In Missen-Wilhams produzierte Carl Hirnbein im Gegensatz zu den umliegenden Hartkäseküchen den leichter herzustellenden Weichkäse wie den belgischen Limburger her. In Wertach wurde später der „Weißlacker“ Weichkäse kreiert. Dank der starken Entwicklung der Käseproduktion galt das Allgäu um 1850 als die Käseküche Deutschlands. Der 1887 gegründete Milchwirtschaftliche Verein Allgäu sorgte durch Maßnahmen wie Lehrsennereien, Milchliefer- und Stallordnungen dafür, das die Qualität des Allgäuer Käses erhalten blieb.